遗传性结肠癌最常见的原因是林奇综合征，也称为遗传性非息肉性结直肠癌(HNPCC)。
HNPCC还可能增加在较早年龄患其他癌症的风险，包括卵巢，子宫内膜，食管，胃，肝，肾脏，小肠、尿路、前列腺癌，大脑,皮肤癌．
根据该报告，HNPCC每年导致约4200例结直肠癌和1800例子宫内膜癌疾病控制和预防中心据美国癌症研究所的数据显示，这一比例占所有结直肠癌的2%到4%美国癌症协会．因林奇综合征而患癌症的人通常在四五十岁。
另一种更罕见的遗传性结肠癌导致数百或数千人死亡息肉或结肠癌前增生(息肉病)。最常见的类型被称为家族性腺瘤性息肉病(FAP)。息肉可能在一个人的青少年时期开始发育。如果FAP没有得到治疗——通常是通过手术干预——它可能会在年轻时导致结肠癌和/或直肠癌。早在20岁时，其中一个或多个息肉就可能癌变。
相比之下，患有林奇综合征或非息肉性结直肠癌的人，在年轻时通常会在结肠中形成一个或几个息肉，而不是FAP可导致数百或数千个息肉。
FAP是由一个人从父母那里遗传的APC基因突变引起的。FAP是所有结直肠癌中约1%的原因美国癌症协会．患有FAP的人患胃癌、小肠癌、胰腺癌、肝癌和其他类型癌症的风险也会增加。FAP患者一生中患结肠直肠癌的风险接近100%美国癌症协会而且在大多数情况下都是在50岁之前形成的。
FAP有几种类型:
减毒FAP:其特征是结肠直肠癌的风险增加，比典型FAP低。与典型FAP患者相比，患有这种类型FAP的人晚年出现的息肉更少。
加德纳综合征:这是FAP的一种类型，也会导致皮肤、软组织和骨骼的非癌性肿瘤。
Turcot综合征:这是一种罕见的遗传疾病，其特征是与原发性脑肿瘤相关的结肠中形成多个良性生长(息肉)。
一些基因突变可能会增加林奇综合征的风险，即发生在MLH1、MSH2、MSH6或PMS2基因中的突变。其他基因的变化也可能导致林奇综合征。林奇综合征患者一生中患结肠直肠癌的风险可能高达50%，这取决于受影响的基因美国癌症协会．林奇综合征癌症风险通过常染色体显性模式遗传。这意味着一个人只需要从父母一方获得异常基因就会患上这种疾病。
如果一个家庭成员被诊断患有结直肠癌，治疗的医生通常会要求进行筛查，以确定癌症是否由林奇综合征引起。这可以通过血液或唾液测试来完成。一个基因顾问可能会被叫去帮助处理结果。
这些信息也可以作为号召亲密家庭成员采取行动的信号。这意味着近亲也有可能发生突变，他们可能希望比建议的时间更早接受检查或开始筛查某些癌症。
对于这些人，专家如那些具有美国疾病控制和预防中心一般建议从20 - 25岁开始，或在家族中最早确诊结直肠癌前2 - 5年，每1 - 2年进行一次结肠镜检查。这可能会帮助亲人远离结肠癌。
林奇综合症还会增加其他癌症的风险，包括食道癌或上消化道癌。林奇综合征患者应该考虑每三到五年做一次上消化道内窥镜检查，同时检查幽门螺杆菌基线检查感染，阳性治疗。
其他筛查选项可能包括:
林奇综合征患者的结肠中会出现良性息肉，而且发生的年龄比没有这种基因综合征的患者要小。
修订后的贝塞斯达指南帮助医生决定谁应该接受林奇综合征筛查。名单包括:
林奇综合征的治疗需要高度警惕，在息肉有机会癌变之前进行筛查，捕获并切除息肉。如果林奇综合征患者确实发展为结肠癌或其他相关癌症，治疗方法与没有这种遗传条件的癌症患者相同。
患有林奇综合征的妇女可考虑切除子宫、输卵管和卵巢(子宫切除术而且双侧输卵管卵巢切除术)，以预防子宫癌和卵巢癌。需要注意的是，这种选择将永久取消怀孕的能力，所以在做决定之前应该仔细考虑。